Als Pilotländer für den Ausbau der afrikanischen Partnerstruktur wurden von der Afrikanischen Union Benin, Südafrika und Tansania ausgewählt. Nach einer Ausschreibung wurden für die Umsetzung in Afrika als zivilgesellschaftlichen Organisationen WESSA - People caring for the Earth in Südafrika und die Tanzania Youth Coalition (TYC) in Tansania ausgewählt. Bis 2018 war in Benin die Young Beninese Leaders Association Teil der DAJ. Seit Ende 2018 ist das beninische Netzwerk Réseau AGYI Bénin, dass sich aus 25 Nichtregierungsorganisationen zusammenschließt, Partner der DAJ.
Unterstützt werden sie bei der technischen Umsetzung der DAJ in den afrikanischen Partnerländern durch die Deutsche Gesellschaft für internationale Zusammenarbeit (GIZ). Engagement Global ist für die inhaltliche Umsetzung der DAJ zuständig. Bei ihr ist die Koordinierungsstelle der Deutsch-Afrikanischen Jugendinitiative angesiedelt. Zur Erreichung neuer Zielgruppen arbeitet die Deutsch-Afrikanische Jugendinitiative mit der Deutschen Sportjugend (dsj) und der Bundesvereinigung Kulturelle Kinder- und Jugendbildung (BKJ) als strategischen Partnern zusammen.