L'Union africaine a choisi le Bénin, l'Afrique du Sud et la Tanzanie comme pays pilotes pour développer la structure partenariale en Afrique. Suite à un appel d'offre, les organisations de la société civile WESSA - People caring for the Earth d'Afrique du Sud et Tanzania Youth Coalition (TYC) de Tanzanie ont été sélectionnés pour réaliser le projet en Afrique. Jusqu'en 2018, l'organisation Young Beninese Leaders Association faisait partie de l'AGYI au Bénin. Depuis la fin 2018, le partenaire de l'AGYI est le Réseau AGYI Bénin, composé de 25 organisations non gouvernementales. L'agence de coopération internationale allemande pour le développement (Deutsche Gesellschaft für internationale Zusammenarbeit - GIZ) les soutient dans la mise en œuvre technique de l'AGYI dans les pays partenaires africains. Engagement Global est chargé de la réalisation du programme de l'AGYI. L'organisation a fondé le bureau de coordination de l'Initiative Germano-Africaine pour la Jeunesse.
Pour atteindre de nouveaux groupes cibles, l'Initiative Germano-Africaine pour la Jeunesse coopère avec ses partenaires stratégiques, la Jeunesse Sportive Allemande (dsj) et la Fédération allemande pour l'Éducation artistique et culturelle de la Jeunesse (Bundesvereinigung Kulturelle Kinder- und Jugendbildung e.V. - BKJ)."